凤凰台上多今古，石头城下水云长。“石头城”如今是南京的别称，狭义的石头城则是指孙权在南京城西石头山修建的石头城。石头城遗址位于现在南京城西清凉山（汉、六朝时称石头山，城因山而得名）一带，它是南京在六朝作为都城的起点，甚至还是南京城区历史上正式有行政建置的始发地，在南京城市发展过程中占有重要位置。
凤凰台上多今古，石头城下水云长。“石头城”如今是南京的别称，狭义的石头城则是指孙权在南京城西石头山修建的石头城。石头城遗址位于现在南京城西清凉山（汉、六朝时称石头山，城因山而得名）一带，它是南京在六朝作为都城的起点，甚至还是南京城区历史上正式有行政建置的始发地，在南京城市发展过程中占有重要位置。
东吴定都南京是综合性的时代产物
唐人许嵩在《建康实录》卷一中说：“越霸中国，与齐、楚争强，为楚威王所灭（按：公元前333年楚灭越），其地又属楚，乃因山立号，置金陵邑也。楚之金陵，今石头城是也……”
唐李吉甫《元和郡县图志》卷二十五则言：“石头城……即楚之金陵城也，吴改为石头城……”
这种说法的产生目前可以追溯到东汉末年，《三国志》卷五十三注引《江表传》中孙权的谋士张紘劝孙权徙治秣陵时称“地有其气，天之所命，宜为都邑”。看来楚威王在石头山建金陵邑和秦始皇改金陵为秣陵的说法在东汉以前是确有流行的。
石头山一带再度成为南京城的建设重点，是在公元211年，这一年孙权徙治秣陵，第二年改秣陵为建业。
关于是谁选择石头山建石头城乃至将今天的南京城所在地作为东吴首都的问题，历史上有不同说法，现在看来，它是一个综合性的时代产物，关键是南京的区位或地缘优势。
南京位于长江下游中部地区，在全国分裂和黄河流域动乱之时，有长江天险可以凭依，向北则有淮河作为第一道防线，进可攻，退可守，成为难得的安全区域；向东南和南方有深广的腹地，为先秦吴、越国所在，向西则为旧楚境域，战国时楚国灭越，形成了中国以楚文化为特色的长江流域或南方文化体系，作为中华文化主干之一的长江文化成为东吴立国于此的重要文化根基、文化资源和文化竞争力；由此溯江而上可达长江中上游，进而南下五岭，远控两广，顺江而下又能经海路去辽东、朝鲜半岛和日本以及东南亚各国，水上交通运输之便利得天独厚，文化交流渠道宽畅。
所谓“天生丽质难自弃”，对今天的南京人来说，这“选者”是值得尊敬的智者。
从史料看，决策过程中牵涉孙策、张紘、刘备、诸葛亮、孙权。
孙策，汉末乱世中的英雄，其父孙坚去世后，他以20多岁的年龄挑起平定东南、争雄列强的重担，当时，孙氏的政治基业在吴（今苏州市），但史书上说他在今南京建有府第，并将扬州治所从曲阿（今丹阳）徙此。可惜，这位少年英雄26岁时即遭人暗算，壮志未酬身先死。
张紘，最早明确要求孙吴定都秣陵的政治家。“紘建计宜出都秣陵，权从之。”
刘备，三国时蜀汉政权的建立者。《江表传》记载，公元209年，“刘备之东，宿于秣陵，周观地形，亦劝权都之，权曰：‘智者意同’。遂都焉。”
关于诸葛亮是否到过东吴一事，史家持说不一。《三国志》卷五十二《吴书·诸葛瑾传》注引《江表传》中提到，孙权曾说“玄德昔遣孔明至吴”，与《吴录》《舆地志》等书互相印证，或可成一说。目前至少仍可以认为对南京地理形势作出“钟山龙盘、石头虎踞”并适宜建都之评价的人物应当也有诸葛孔明。
孙权，南京都城的开创者。以上所说诸位不管如何提建议，发评论，作为东吴权力的头号人物，最终做出定都“秣陵”的决策者必须是孙权。
清凉山以西千年前是一片汪洋
孙权为什么要在石头山上建城，其作用又是什么，史书中多有言及，但今人一般较难理解，因为现清凉山以西已是楼宇林立，石头城只不过是一处城中高阜而已。
但在一千多年前，清凉山以西乃一片汪洋，当时的石头山正处江之东岸，山下江流滚滚，惊涛拍岸，顺山下江岸东南行即为淮河口。石头山那高耸突兀的红色砾岩山体壁立江渚，正处在夹江带淮的险阻之地，形势十分重要。故《景定建康志》卷十七“石头山”条引《舆地志》讲“环七里一百步，缘大江，南抵秦淮口，去台城九里，自六朝以来，皆守石头以为固，以王公大臣领戍军为镇，其形胜盖必争之地”。
到唐代，石头山之西江流渐去，秦淮河向北延伸，石头城故址已处在秦淮河东岸，但这一带的水面仍较宽阔，且受江潮影响较大，诗人刘禹锡诗云“山围故国周遭在，潮打空城寂寞回，淮水东边旧时月，夜深还过女墙来”。将石头城本身及其周围形势在唐代的变化写得十分生动。
六朝石头城在石头山（即今清凉山）于史记载有绪，只是城址一直不明。
为此，笔者和南京市文物研究所的同人邵磊、路侃、袁晓琪等，从1998年到2000年持续对石头城遗址做了多次调查，同时还得到江苏省地震工程研究院高级工程师张治天等配合，对地下遗存做了精密磁测，发现了一些重要迹象，在此基础上又进行铲探和探沟发掘，结果证明古石头城确实是在清凉山上。出土的瓦当还证实，这里曾有东吴时代的高等级建筑存在。
孙权所筑的石头城为土质城垣，因利用山势所修，故不太规整，《舆地志》云“环七里一百步”。东吴七里一百步，合今约3194米。经笔者调查和对城垣的复原，其北垣长约1100米、西垣约800米、东垣约820米、南垣约450米，加起来周长为3000多米，与历史记载颇为接近。
东吴石头城分石头大城和石头小城
东吴的石头城分为石头大城和石头小城两个部分，其中石头小城包在大城内，位于大城的东北侧，所谓“石头仓城”应是指小城地块。我们在考古中也发现，石头城遗址中的东北部呈相对独立的空间，与文献记载基本吻合。
公元280年2月，攻打东吴首都的西晋“舟师至于建业之石头（城）”，孙皓“大惧，面缚舆榇，降于军门”。西晋政府废建业，复称秣陵。
公元317年，司马睿做了东晋政权的开国皇帝，建邺改称建康（按：一说建邺改称建康为西晋建兴元年，即公元313年），石头城的地位随首都的建立而日渐突出。
石头城是当时重要的水陆交通码头，设有“石头津”，负责对上岸的货物抽取税收。城南则有“征虏亭”，为送别之所。史载庾亮镇武昌，谢安去广陵，都是从石头城始发。石头城附近水面上商旅船只最多时可达万计，应是当时长江上也是中国最大的内河船运码头。同时，这里也成为训练水军的场所。
不过，东晋时代的石头城曾屡遭涛水之害，有时甚至一次溺死数百人，成为严重的灾难。既然石头城临江一面悬崖高耸，其上又有城墙雉堞，江涛怎么可能入内呢？
经笔者在石头城遗址考古时踏访可知，当时的石头城临江一面长约800米，地势北高南低，其山体最高处是现“鬼脸城”一块，向南则山体逐渐降低（按：现明城墙并不全是当年石头城垣所在，石头城西垣北段还在现所见明城墙东侧），当到达其最南端时，山体已接近平地。
除此之外，江潮暴涨是否还有其他自然原因也值得研究，因为东晋以后，石头城就很少再发生这种灾害了。
东晋以后，石头城虽在江滨，但由于其特殊的位置和重要的作用，日益融入都城的整体生活结构中，晋末宋初，刘宋的开国皇帝刘裕，就是在这里击败了卢循的军队，从而迅速提升了自己的军事地位。
公元450年，北魏军队声言过江，宋文帝派太子刘劭镇守石头城，总统水军，文帝还亲到石头城巡察战情，可见这时的石头城成了首都的水军总部所在和仓储重地，地位十分显赫。
到梁代时，“西（至）石头城，东至倪塘，南至石子岗，北过蒋山，东南西北各四十里”“户二十八万”，人口超过百万（一说人口在70万—80万）的特大都城出现。
在梁武帝萧衍当政期间（502—549年），政局较为稳定，石头城几无战事发生。但是，到了梁代末年，由于北朝逆将、贼首侯景叛乱，石头城再次成为战事频发地区。
梁朝末年连续发生在石头城的事件，使我们对石头城的建筑结构及周围地形有了更多了解，如城北、城东北皆有高岭（按：现石头城遗址东北面确有高岭），城西北沿江一线有横陇，城北垣因与冈阜相接，不甚危峻，所以人较易攀城墙而入；除有东门、西门（一称西南门）、南门外，也有北门，其中南门有楼（按：其他各门是否有楼，不清），城墙上有“女墙”（雉堞）；其仓城一称“东北小城”，说明其方位在大城之东北，与现考古调查勘探结果一致。梁代时，政府设有“石头城监”，应为具体管理石头城日常安全事务的专门官员。
南宋时清凉山上仍有旧迹可见
从都城发展史上观察，梁、陈时期的石头城与整个城市的经济联系日益密切，军事色彩逐渐下降，普通居民增多，其“秦淮河文化”色彩不断增强，东晋以后，基本上没有再受到江涛的大规模袭击，梁代筑沿淮堤埂，秦淮北岸是从石头城开始向东延伸到东冶（按：可达今光华门外中和桥一带），《资治通鉴》卷一六二引《金陵记》描述梁都繁盛时，已把石头城看成是建康都城的有机组成部分。
公元588年，陈后主“于郭内大皇佛寺起七层塔，未毕，火从中起，飞至石头，烧死者甚众”。石头城内外人烟之稠密于此可知。
公元589年正月，隋军攻打建康，除韩擒虎、贺若弼两支大军分别从广陵、京口和采石（今安徽当涂境）东西夹击，还有宇文述一支“述进据石头，以为声援”，不久，台城被攻破，隋晋王杨广入据建康都。
按《隋书》所言，隋平陈后，隋文帝下诏对六朝建康都城实行“平荡耕垦”，即彻底毁坏之策，据近年南京城市考古可知，尽管在都城范围内发现过一些六朝时代的道路、房基、水井等遗迹，但保存较完整、分布面积较大的六朝宫殿、官署建筑遗迹毕竟未出土，这证明隋兵对建康都城严重摧残的历史记载是大体可信的。
不过，在南京城市发展的这一历史剧变过程中，“石头城”不仅幸免于难而且还一度成为区域政治中心所在，建康都失陷后，“晋王广班师，留（王）韶于石头防遏，委以后事。岁余，征还。”即杨广班师回长安后，留下元帅府司马王韶在石头城镇守。
从总体上说，除隋代在此设蒋州治尚值得一提外，到唐代，石头城基本上仅是一个“兵营”而已，在南京城市整体格局中已不占重要位置。
五代十国时期，杨吴权臣徐温派义子徐之诰（即后来的南唐开国皇帝李昪）于公元909年始筑州城，经过20年左右的不断完善，终于完成了金陵城的一代新制。
这座新城将历史上显赫数百年的石头城隔在了城外，但由于石头城所在的石头山一带望江傍淮，山峦起伏，风景优美，所以杨吴顺义年间（921—926年），徐温于此建兴教寺，后南唐改兴教寺为石城清凉大道场（即清凉寺），并一度作为南唐王朝的避暑宫，“石头山”更名“清凉山”。
直到南宋，古石头城还有迹可见，宋抗金名将岳飞之孙岳珂曾讲“自清凉寺而上，皆古石头（城）颓墉，犹可识其址，皆依山而高……”
